唐代，云门寺高僧荟萃。建中间(780-783)，高僧灵澈禅师在云门寺撰著《律宗引源》二十七卷，佛教禅宗六祖慧能在曹溪说法，云门寺高僧善现住持事之。唐会昌年间(841～846)云门寺遭到会昌之难而毁废，当时只剩下面南一小殿未毁，因附益以为寺，即广孝寺。至唐宣宗大中六年(公元852年)观察使李褒奏重建。然非复旧址，赐号大中拯迷寺。后于寺西建忏堂，号净名庵。宋太祖乾德六年(公元968年)将其中一部份(显圣院)复名为云门寺。宋雍熙三年(986)赐名雍熙院。宋太宗淳化五年(公元994年)改“拯迷寺”为“淳化寺”。后周显德二年(955)于拯迷寺石壁峰前建看经院。宋至道二年(996)改名显圣院。旧云门寺老宿所栖庵亦于熙宁二年(1069)赐名寿圣寺。其时云门寺已一裂为四。南宋绍兴十四年(1144)，高宗为云门广孝寺题“传忠广孝之寺”，中间又题小字云：“赐传忠广孝寺”。广孝寺前，有宋高宗书“传忠广孝之寺”碑额，碑高丈余。寺有弥陀道场，杭僧元照书额。(另有“南宋度宗咸淳年间(1266-1274)曾改名为“传忠广孝寺”之说。)寺后废。至明熹宗天启三年(公元1623年)僧福坤偕献之裔孙于旧址募资重修，僧雪峤任住持。又恢复云门寺的旧名，并一直沿用至今。崇祯十一年(1638)，会稽籍高僧弘礼住云门寺，“刀耕火种，有古德风”，著语录30卷。云门寺在明末称曹洞中兴道场。云门一系，自湛然(圆澄)以后，其势力颇足，与临济宗的天童一系相颉顽。时云门广孝寺、显圣寺法席大振，威震江南。清初，平水佛教进入高层次的理论研究，高僧、名僧层出不穷，湛然门下出石雨(明方)、三宜(明盂)、瑞白(明雪)。当时，继席云门显圣寺的均为有名宗匠，明方门下的远门净柱，位中净符，明盂门下的狼亭净挺、西遁净超，明雪门下的百愚净断等，都是很有名的禅宿、有语录行世。1586-1676年，临济宗禅宿高僧道忞，奉诏敕建平阳寺，建阁七楹，其血书法华经全部，堪称佛门珍品。清顺治十七年(1661)，赐帑银五百两，重修云门寺塔。后毁。建国初，寺内尚存佛像，有宗教活动。辛亥革命后，平水佛教寺院每况愈下。抗日战争时，平水寺院遭日寇蹂躏，寺毁僧散。解放以后，又一些寺院被毁，云门寺年久失修，湮于榛莽之中。佛像被毁，寺屋改作他用。今尚存广孝寺部分殿宇及碑文。1986年后，当地信教群众募款重建，重塑佛像，恢复宗教活动。寺内尚存明代“募修云门寺疏碑.至目前，平水还保留云门寺的部分。

    云门寺在历史上之规模是非常之宏大。云门寺鼎盛时期曾热闹非凡，陆游在《云门寿圣院记》中写到：“云门寺自晋唐以来名天下。父老言昔盛时，缭山并溪，楼塔重覆、依岩跨壑(hè）,金碧飞踊，居之者忘老，寓之者忘归。游观者累日乃遍，往往迷不得出。虽寺中人或旬月不得觌(dí）也。”从此可以看出当年之盛况。另据《康熙会稽县志》中的记载和云门寺图上可以看出，进入峡谷之后首先看见的是一个写着“云门古刹”的石牌坊，然后是辩才塔、“卓立云门”石牌坊、雪峤塔、五云山亭、火者塔然后走过五云桥到达云门寺的山门前面，寺前面还有一片枫林，从图中我们可以看出云门寺当时的云门寺有五进之多，有山门、天王殿、大雄宝殿、法堂、禅堂等主要殿堂。寺院的两边各建有两排长长的厢房。寺院的周围还有铁门限、溪风阁墓、王子敬笔琢、王子敬山亭(书上说:唐高宗上元二年(675)三月上已日,名例“初唐四杰”之首的文学家王勃,在云门寺王子敬山亭主持过一次“克隆”晋代王羲之等人在兰亭曲水流觞的修禊盛事。)、洗砚池、白乳亭、五云山等。另外云门寺除主寺之外还设置有“看经院”(另有“刊经院”、之说)、“芍师院(忏堂)”、“显圣院”(云门显圣寺寺址在今绍兴城区东南玉笥山前。后周显德二年(955)，僧重曜于拯迷寺石壁峰前募缘建造。初名显圣院(云门看经院)。宋至道二年(996)九月，敕改显圣寺。院后有王子敬笔仓，实一眢井。元时，寺毁。明万历二十二年(1594)，大学士张浚元等延请圆澄(湛然)禅师重建寺于玉笥山前，开法云门显圣寺，法席大盛。

    全寺傍山而筑，占地面积1.33万平方米，建殿堂宇舍200余间。民国19年(1930)，有僧200余人。32年，部分寺舍为侵华日军所焚。34年抗日战争胜利后，住持元相惨淡经营，然终难振旧观。1949年，有僧22名。1951年，寺舍废，改民居。)、广孝寺(广孝寺前，有宋高宗书“传忠广孝之寺”碑额，碑高丈余。寺有弥陀道场，杭僧元照书额。门外有丽句亭，刻唐贤诗赋于其上。寺前有辨才塔。寺内有辨才香阁，智永禅师之徒辨才曾居此。世传辨才于云门寺凿暗槛置右军兰亭序真迹于梁上，唐太宗御史萧翼以计取之。)、广福院(老宿所栖庵)、药师院等副寺，后来主寺日渐衰落各副寺就别立为寺了，如显圣寺、雍熙寺、寿圣寺等。在当时的这几个主要别立的寺院在加上云门寺本身被当地称为“一山四寺”、“一主四副”或云“一本而四名”。但在当地信众的观念中通常把这些寺院视其为云门一寺。另外在其不远还有很多的寺院、庵堂。“云门”只是一个总称而已。至宋，云门析为广孝、显圣、雍熙、普济、明觉、云门六寺。明万历《会稽志》卷十六载：“今云门有寺六：广孝，恩昱诸公所居也；上庵曰广福；看经院曰显圣；闷兴忏院早雍熙；西曰普济；南曰明觉，各有胜地。”足见当时的盛况

    云门寺曾在中国佛教史上占有重要的地位。历任住持者皆系当时著名僧人，如首任住持帛道猷(yóu)系为东晋一代名僧。随后相继还有法旷、竺道一(壹)、支遁、昙一、弘明、弘瑜、智永、智果、圆信、湛然、重曜、净挺、辩才、允若、具德礼、王门等等皆是一代高僧，尤其是支遁和昙一，前者创“即色空”学说，后者创了“幻化宗”学说。对中国佛教的发展都产生过很大的影响，其中犹以辨才香阁最为文人喜爱。辨才为云门寺律师，王羲之七世孙智永之得意弟子，其生前所住香阁，当然亦为后人重视。香阁之得名，看来源于云门特有之天香。宋之问《宿云门寺》曰：“天香众壑满。”孙邈《酬万八贺九云门下归溪中作》曰：“天香满袖归。”孟浩然《游云门寺诗》曰：“香界登阁憩。”孙邈《宿云门寺阁》曰：“香阁东山下，烟花象外幽”孙邈不住岩东院而住香阁院应从心理上考虑。(按宣宗大中年间，浙东观察史李褒到云门，也住香阁院，并留下《宿云门香阁院》诗)当年《兰亭序》就是藏在这香阁之梁槛之上，诗人宿此当为凭吊。另一处“客栈”当为东客院，即岩东院，云门寺接待院。当年萧翼受唐太宗之托来云门骗取《兰亭序》时便住于此。萧翼有《宿云门东客院》诗。诗人初至云门就是以此诗结交辨才，博得辨才好感。

    历史上的云门寺与海外的佛教高僧也有着联系，如明末住持僧杉木祖师(原名段兰公)就曾去日本弘扬教义达三十年之久，为中日两国之间的佛教交流建立了良好的友谊基础。